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In den Monaten nach dem Putsch veröffentlichte die „Junta“ unter der Federführung des Historikers Gonzalo Vial und des Admirals Patricio Carvajal ein Buch mit dem Titel „El Libro Blanco del cambio de gobierno en Chile“ (allgemein bekannt als „El Libro Blanco“, Das weiße Buch des Regierungswechsels in Chile“), in dem sie versuchten, den Staatsstreich zu rechtfertigen, indem sie behaupteten, dass sie in Wirklichkeit einen Selbstputsch (den angeblichen ‚Plan Zeta‘ oder Plan Z) vorwegnahmen, den die Regierung Allende oder ihre Verbündeten angeblich vorbereiteten. Der Historiker Peter Winn stellt fest, dass die Central Intelligence Agency einen großen Anteil daran hatte, die Verschwörung zu fabrizieren und an die Presse zu verkaufen, sowohl in Chile als auch international.

Obwohl später diskreditiert und offiziell als Produkt politischer Propaganda anerkannt, hat Gonzalo Vial auf die Ähnlichkeiten zwischen dem angeblichen Plan Z und anderen bestehenden paramilitärischen Plänen der Parteien der Volkseinheit hingewiesen, um seine Legitimität zu untermauern.
Aus einem Dokument vom 13. September geht hervor, dass Jaime Guzmán zu diesem Zeitpunkt bereits damit beauftragt war, die Ausarbeitung einer neuen Verfassung zu prüfen. Eine der ersten Maßnahmen der Diktatur war die Einrichtung eines Nationalen Jugendbüros (Secretaría Nacional de la Juventud, SNJ). Dies geschah am 28. Oktober 1973, noch vor der Grundsatzerklärung der Junta vom März 1974. Auf diese Weise konnten sympathisierende Elemente der Zivilgesellschaft zur Unterstützung der Diktatur mobilisiert werden.

Anhaltende Gewalt
In den ersten Monaten nach dem „Staatsstreich“ töteten die Militärs Tausende von tatsächlichen oder mutmaßlichen chilenischen Linken oder erzwangen ihr „Verschwinden“. Die Militärs sperrten 40.000 politische Gegner im Nationalstadion von Chile ein; unter den gefolterten und getöteten desaparecidos (Verschwundenen) waren die US-Bürger Charles Horman und Frank Teruggi. Im September 1973 wurde der chilenische Liedermacher Víctor Jara zusammen mit 70 anderen Menschen in einer Mordserie der Todesschwadron Caravana de la Muerte ermordet.
Die Regierung verhaftete innerhalb von drei Jahren etwa 130.000 Menschen; die Zahl der Toten und Verschwundenen ging in den ersten Monaten der Militärregierung in die Tausende. In Valparaiso gab es schätzungsweise 6.918 Opfer von politischer Gefangenschaft und Folter, darunter die britische Ärztin Sheila Cassidy, die überlebte, um im Vereinigten Königreich die Menschenrechtsverletzungen in Chile bekannt zu machen.

Unter den Inhaftierten befand sich auch Alberto Bachelet (Vater der späteren chilenischen Präsidentin Michelle Bachelet), ein Beamter der Luftwaffe; er wurde gefoltert und starb am 12. März 1974. Die rechtsgerichtete Zeitung „El Mercurio“ berichtete, dass Herr Bachelet nach einem Basketballspiel unter Berufung auf seine schlechte Herzgesundheit starb. Michelle Bachelet und ihre Mutter wurden am 10. Januar 1975 in dem Haft- und Folterzentrum Villa Grimaldi inhaftiert und gefoltert.
Die Zeitung „La Tercera“ veröffentlichte auf ihrer Titelseite ein Foto, das Gefangene des Lagers auf der Insel Quiriquina zeigte, die während der Kämpfe in Concepción gefangen genommen worden waren. In der Bildunterschrift hieß es, dass es sich bei einigen der Festgenommenen um „lokale Bosse“ der Unidad Popular“ handelte, während andere ‚Extremisten waren, die die Streitkräfte mit Schusswaffen angegriffen hatten‘.

Das Foto wurde 2013 in The Indicter reproduziert, wobei unter den „lokalen Bossen“ Fernando Alvarez, der damalige von Allende ernannte Behördenleiter der Provinz Concepción (der einen Monat später hingerichtet wurde), und unter den kämpfenden „Extremisten“ Marcello Ferrada de Noli, einer der Gründer der MIR und damaliger Professor an der Universität von Concepción, genannt wurden.
Dies deckt sich mit Berichten in Zeitungen und Rundfunksendungen in Concepción über die Aktivitäten der Streitkräfte, in denen vom 11. bis 14. September mehrfach von Zusammenstößen mit „Extremisten“ die Rede war. Die nächtlichen Scharmützel fanden in der Nähe des Hotels Alonso de Ercilla in der Straße Colo Colo und San Martín statt, einen Block entfernt vom Verwaltungssitz der Armee und der Militärpolizei.

Eine kürzlich veröffentlichte Zeugenaussage über die Zusammenstöße in Concepción bietet mehrere plausible Erklärungen für die Zurückhaltung der Zeugen bei diesen Aktionen.
Der Staatsstreich betraf nicht nur die politischen Führer und Teilnehmer, sondern auch viele chilenische Bürger im Alltag. Pinochet und die Militärjunta verkündeten, dass sie sich des „Krebsgeschwürs“ entledigen würden, womit sie sich auf die chilenische Linke bezogen. Tausende wurden getötet, verschwanden und wurden verletzt. Tausende wanderten aus oder wurden wegen der politischen Instabilität in ihrem Land ins Exil geschickt, viele siedelten in andere Länder um. Kanada wurde neben anderen Ländern zu einem wichtigen Zufluchtsort für viele chilenische Bürger.

Im Rahmen der Aktion „Special Movement Chile“ wurden in den Monaten nach dem 11. September 1973 mehr als 7.000 Chilenen nach Kanada umgesiedelt. Diese Flüchtlinge sind heute als chilenische Kanadier bekannt und zählen über 38.000 Einwohner. Die Chilenen fanden in über 40 Ländern der Welt Asyl. Obwohl die genaue Zahl nicht bekannt ist, wird geschätzt, dass mindestens 200.000 Chilenen Chile zwischen 1973 und 1990 verlassen haben, was die größte Auswanderungswelle in der Geschichte Chiles darstellt.
Nach der Wahlniederlage von General Pinochet im Plebiszit von 1988 berichtete die Rettig-Kommission, eine parteiübergreifende Wahrheitskommission, 1991 über die Standorte von Folter- und Haftanstalten, unter anderem die Colonia Dignidad, den Großsegler Esmeralda und das Víctor-Jara-Stadion.

Später, im November 2004, bestätigte der Valech-Bericht die Zahl von weniger als 3.000 Toten und reduzierte die Zahl der Fälle von gewaltsamem Verschwindenlassen, aber etwa 28.000 Menschen wurden verhaftet, inhaftiert und gefoltert. Sechzig Menschen starben bei den Kämpfen am 11. September, obwohl die MIR und die GAP am nächsten Tag weiter kämpften. Es wurde behauptet, dass insgesamt 46 Mitglieder der Garde Allendes (GAP, „Grupo de Amigos Personales“) getötet wurden, einige von ihnen im Kampf mit den Soldaten, die die Moneda einnahmen. In einem Bericht aus dem Jahr 1999, der von einer Organisation ehemaliger GAP-Mitglieder veröffentlicht wurde, die die Ereignisse rund um den Staatsstreich überlebt haben, heißt es jedoch, dass niemand von den GAP-Mitgliedern bei den Kämpfen in La Moneda getötet wurde.

Die Quelle bestätigt, dass die GAP zu diesem Zeitpunkt insgesamt nur 50 Mitglieder zählte. Dieselbe Information über die Anzahl der GAP-Mitglieder wurde später in einer wissenschaftlichen Publikation bestätigt.
Die US-amerikanische Sichtweise des Putsches sorgt weiterhin für Kontroversen. Seit Ende 2014 wurde das William J. Perry Center for Hemispheric Defense Studies (CHDS) des United States Southern Command (USSOUTHCOM), das an der National Defense University in Washington, D.C., angesiedelt ist, auf Ersuchen des Vorsitzenden des Senate Armed Services Committee, Carl Levin, vom Office of Inspector General des Verteidigungsministeriums untersucht.

Insider-Whistleblower beschwerten sich unter anderem darüber, dass das Zentrum wissentlich einen CHDS-Professor aus Chile schützte, der ein ehemaliger Top-Berater Pinochets war, nachdem er der Dirección de Inteligencia Nacional / DINA angehörte (deren Anschlag auf einen ehemaligen chilenischen Außenminister 1976 in Washington, D.C., zwei Todesopfer forderte, darunter einen Amerikaner). „Berichte, wonach die NDU ausländische Militäroffiziere angestellt hat, die in der Vergangenheit an Menschenrechtsverletzungen, einschließlich Folter und außergerichtlichen Tötungen von Zivilisten, beteiligt waren, sind verblüffend und abstoßend“, sagte Senator Patrick Leahy, D-Vermont, der Autor des ‚Leahy-Gesetzes‘, das die Unterstützung von Militäreinheiten und Mitgliedern ausländischer Sicherheitskräfte, die die Menschenrechte verletzen, durch die USA verbietet.