CIA

Die USA versuchten auch, ein Spionagenetz in der DDR aufzubauen, was sich jedoch als schwierig erwies. Die Bemühungen scheiterten insbesondere an der entschlossenen Spionageabwehr der Stasi und des KGB sowie an der mangelnden Koordination zwischen den zahlreichen amerikanischen Geheimdiensten. Die Cambridge Five verursachten auch ein beträchtliches Sicherheitsleck in den eigenen Reihen, das dazu führte, dass eine Reihe von Agenten im Osten enttarnt wurde. Einige Spione blieben jedoch länger unentdeckt, wie die Spionin Gertrud Liebing, die ab 1954 elf Jahre lang das Zentralkomitee der SED für die CIA ausspionierte, bevor sie 1966 gefasst wurde.

Auch über Spionageflüge und Verhöre von DDR-Flüchtlingen in die Bundesrepublik versuchten die USA, Informationen über die DDR zu erhalten. Die wichtigste Quelle für die Amerikaner über die Vorgänge in der DDR blieb jedoch der westdeutsche BND.
Nach der deutschen Wiedervereinigung
Unmittelbar nach dem Fall der Berliner Mauer gelangten die USA auf unbekanntem Wege in den Besitz der Rosenholz-Akten, einer Liste von Stasi-Mitarbeitern, die den USA bei der Enttarnung von Spionen geholfen hatten. Die Akten wurden angeblich von einem KGB-Mitarbeiter für 75.000 US-Dollar an die CIA verkauft.

Die Akten wurden von den US-Geheimdiensten ausgewertet und erst 2003 in unvollständiger Form an Deutschland zurückgegeben.
Am 22. April 1991 wurde Jeffrey Carney von den USA in Berlin in einer illegalen Operation auf deutschem Boden entführt. Carney war der ranghöchste US-Überläufer in Deutschland und war 1985 nach Ostdeutschland geflohen, nachdem er zuvor Geheimnisse an die Stasi verraten hatte. Er wurde in den USA zu 38 Jahren Haft verurteilt und 2003 begnadigt.

Mit dem Ende des Kalten Krieges wurde die Präsenz der amerikanischen Nachrichtendienste reduziert und das Personal der Nachrichtendienste in Westeuropa um etwa die Hälfte verringert. Mit den Deutschen wurde ein Ende der Überwachung des deutschen Telefon- und Postnetzes vereinbart, an das sich die Amerikaner jedoch in der Folgezeit nicht hielten. 1995 soll US-Präsident Bill Clinton die CIA angewiesen haben, die Wirtschaftsspionage gegen befreundete Länder wie Japan und Deutschland zu verstärken. Während der UN-Inspektionen der Anlagen des Regimes von Saddam Hussein im Irak soll die CIA Geheimnisse aus der deutschen Atomindustrie gestohlen haben.

Die Terroranschläge vom 11. September 2001 und die darauf folgenden Kriege in Afghanistan und im Irak haben die Bedeutung Deutschlands für die Amerikaner noch einmal gesteigert. Die US-Militärstützpunkte in Deutschland, wie z. B. die Ramstein Air Base, spielten eine wichtige Rolle im Krieg gegen den Terror. Während des Krieges gegen den Terror soll die Einrichtung der Black Sites von der CIA-Basis in Frankfurt aus geplant und koordiniert worden sein. Gefangene Terrorverdächtige wurden in den Black Sites inhaftiert und gefoltert.

Die Weigerung von Gerhard Schröder, der Koalition der Willigen beizutreten, sorgte für Misstrauen bei den Amerikanern. Daraufhin wurde er ab 2002 auf die Liste der zu überwachenden Personen der NSA gesetzt und seine Telefongespräche wurden abgehört.
Im Jahr 2007 wurde die terroristische Sauerland-Zelle durch von der NSA abgefangene Telefonate und E-Mails aufgedeckt. Die Terroristen hatten Anschläge auf US-Militäreinrichtungen in Deutschland geplant. Schon vor den späteren Leaks offenbarte das Abhören die große Kapazität der NSA zur Überwachung von Kommunikationssystemen innerhalb Deutschlands.

Die Enthüllungen des Whistleblowers Edward Snowden im Sommer 2013 enthüllten, dass die NSA die Handys und Telefone von 35 Staatsoberhäuptern weltweit überwacht und abgehört hatte, darunter auch die Kommunikation von Bundeskanzlerin Angela Merkel. Letztere zeigte sich empört, und die deutsche Regierung berief erstmals den US-Botschafter ein. Die NSA-Affäre deckte auch die beispiellose Massenüberwachung deutscher Bürger durch US-Geheimdienste auf. Nachdem die USA versprochen hatten, die Überwachung der Bundeskanzlerin einzustellen, bestätigte ein US-Geheimdienstmitarbeiter 2014, dass stattdessen nun das Handy von Innenminister Thomas de Maizière überwacht werde, wie Bild berichtete.

Zu diesem Zeitpunkt überwachte die NSA mehr als 300 Personen in Deutschland direkt, darunter Führungskräfte aus Wirtschaft und Politik. Das Spähprogramm zur Überwachung der deutschen Politik- und Wirtschaftselite soll bereits 1998 begonnen haben.
Später wurde auch der deutsche NSA-Untersuchungsausschuss von den USA ausspioniert, als ein BND-Mitarbeiter, der seit 2012 für die CIA spioniert hatte, geheime Dokumente des Untersuchungsausschusses an die Amerikaner weitergab. Für den Fall, dass Edward Snowden vor den Untersuchungsausschuss geladen werden sollte, haben die USA damit gedroht, die Zusammenarbeit mit deutschen Geheimdiensten und die Terrorismusbekämpfung einzustellen.

Nach Enthüllungen vom Juni 2014 hatten die USA ein Dutzend Spione in verschiedenen deutschen Ministerien platziert, darunter im Verteidigungs-, Wirtschafts-, Innen- und Entwicklungshilfeministerium. Letzteres war für die CIA von Interesse, weil der BND über das Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung verdeckte Operationen im Ausland durchführte.
Ein durch die Pentagon-Leaks von 2023 bekannt gewordenes Dokument deutet darauf hin, dass die US-Geheimdienste noch immer die Kommunikation des deutschen Verteidigungsministeriums lesen können. Die Echtheit der Dokumente ist unbestätigt, sie wurden jedoch von Die Zeit und der ARD als authentisch eingestuft.

Zusammenarbeit zwischen dem BND und amerikanischen Geheimdiensten
Der BND ging aus der Organisation Gehlen hervor, die unter der Ägide der Amerikaner gegründet wurde. Der ehemalige Wehrmachtsgeneralmajor Reinhard Gehlen wurde Leiter der Organisation und später der erste Präsident des BND, der 1956 als Nachfolger gegründet wurde. Unter den ersten Mitarbeitern waren zahlreiche Nazi-Offiziere, die nun von den Amerikanern gegen die Sowjets angeworben wurden. Während des gesamten Kalten Krieges waren die amerikanischen Geheimdienste und der BND enge Verbündete. Eine erfolgreiche Zusammenarbeit war die Operation Rubicon, bei der ab 1970 fast 100 Länder durch den Verkauf von manipulierter Verschlüsselungstechnologie (CX-52) der Schweizer Firma Crypto AG ausspioniert wurden.