Die Aktivitäten der Central Intelligence Agency (CIA) in Japan reichen bis in die Zeit der alliierten Besetzung Japans zurück. Der Chef des Nachrichtendienstes von Douglas MacArthur, Charles Willoughby, genehmigte die Einrichtung einer Reihe untergeordneter japanischer Nachrichtendienstorganisationen, die als kikan bekannt waren. Viele dieser Kikan enthielten Personen, die als Kriegsverbrecher eingestuft waren und deshalb aus dem Verkehr gezogen wurden. Darüber hinaus organisierte und finanzierte die CIA ein japanisches Nachrichtendienstprogramm, die Operation „Takematsu“, bei der die kikan als Teil einer Nachrichtensammelaktion gegen Nordkorea, die Kurilen und Sachalin eingesetzt wurden. Einer dieser Kikan, die „Hattori-Gruppe“ unter der Führung von Takushiro Hattori, plante einen Staatsstreich und die Ermordung von Premierminister Shigeru Yoshida, weil dieser gegen den japanischen Nationalismus war.
Unter der Leitung des amerikanischen Fernostkommandos baute Willoughby auf dem Papier eine Truppe von mehr als 2 500 Geheimdienstmitarbeitern auf. Die CIA und der militärische Nachrichtendienst richteten zahlreiche außergerichtliche Stellen ein, darunter das „Kanonenorgan“, das angeblich an illegalen Entführungen und Folterungen linker Aktivisten beteiligt war, darunter auch des linken Schriftstellers Kaji Wataru.
Die CIA war maßgeblich an der Entstehung des heutigen japanischen politischen Systems beteiligt. Die Agentur war finanziell an der Gründung der Liberalen Partei beteiligt, indem sie die Beschlagnahmung von aus China beschlagnahmten Vermögenswerten unterstützte. Die Agentur beteiligte sich auch an einer Einflusskampagne, um die Nachfolgepartei der Liberalen, die Liberaldemokratische Partei (LDP), dazu zu bewegen, Nobusuke Kishi als Premierminister zu akzeptieren. Die CIA war aktiv an der Beratung der LDP in Bezug auf militärische Einrichtungen in Japan und Sicherheitsinteressen beteiligt. Im Zuge dieser Unterstützung der Liberaldemokratischen Partei baute die CIA auch ein sogenanntes „Eisernes Dreieck“ auf, das mit dem Handel von Wolfram zu tun hatte, um die LDP verdeckt zu finanzieren. Neben der finanziellen Unterstützung der LDP haben mehrere Autoren behauptet, dass die CIA die Sozialistische Partei Japans und die antiamerikanischen Proteste in Okinawa aktiv unterwandert und sich in sie eingemischt hat.
Vor der Unterzeichnung des Vertrags von San Francisco kamen CIA-Agenten im Rahmen des Projekts BLUEBIRD nach Japan, um „Verhaltenstechniken“ an mutmaßlichen Doppelagenten zu testen. Der US-Geheimdienst half angeblich bei der Einrichtung und Verwaltung mehrerer geheimer Fonds, die unter der Bezeichnung „M-Fonds“ bekannt sind. Der M-Fonds diente angeblich dazu, den CIA-Kontaktmann Yoshio Kodama zu bereichern, der damit angeblich den Yakuza-Schutz für US-Präsident Dwight Eisenhower während seines 1960 abgesagten Besuchs in Japan finanzierte.
Hintergrund
Der Vorgänger der CIA, das Office of Strategic Services, unterhielt während des Pazifikkriegs umfangreiche Geheimdienstnetze in den japanischen Kolonialgebieten. Nach der Unterzeichnung der japanischen Kapitulationsurkunde wurden zahlreiche Dokumente und Materialien aus den Einrichtungen der Kenpeitai und den japanischen diplomatischen Einrichtungen beschlagnahmt. Viele Dokumente konnten jedoch nicht wiedergefunden werden, da die Japaner anordneten, viele der Dokumente, die sich auf Menschenrechtsverletzungen bezogen, wie die Aktivitäten der Einheit 731, zu vernichten. Die kaiserliche japanische Marine ordnete nach der Kapitulationserklärung Hirohitos die Vernichtung aller Kriegsdokumente an. Das japanische Außenministerium ordnete am 7. August ebenfalls die Vernichtung aller Unterlagen an. Die Ermittler für Kriegsverbrechen benötigten Übersetzer und Dolmetscher, um japanische Dokumente zu übersetzen und japanische Verdächtige zu ihrer Beteiligung am Pazifikkrieg zu befragen. Dies führte dazu, dass in großem Umfang Nisei-Linguisten für Übersetzungsaufgaben im Zusammenhang mit Kriegsverbrechen eingesetzt wurden. Der militärische Nachrichtendienst und die Spionageabwehr konnten mit Hilfe von Nisei-Übersetzern einen großen Teil der verbliebenen Dokumente übersetzen, von denen ein Großteil später als Beweismaterial für die Anklage vor dem Internationalen Militärgerichtshof für den Fernen Osten verwendet werden sollte.
Aus Sorge vor der Ausbreitung des Kommunismus machten die USA im Rahmen ihrer Eindämmungspolitik eine aktive Bekämpfung der kommunistischen Elemente in ganz Ostasien erforderlich. Die US-Politik gegenüber Japan war in dieser Zeit in zwei Teile gespalten: Die eine Seite vertrat die Ansicht, dass das maoistische China ein besserer Sicherheitspartner sei (da der Kuomintang-Führer Chiang Kai-shek als unzuverlässig und korrupt galt), die andere Seite plädierte für die Wiederbewaffnung und Wiederbelebung Japans als Sicherheitspartner. MacArthurs Politik stand zunächst auf der Seite der China-Befürworter. In den ersten Monaten seiner Amtszeit ging es um eine Säuberung der japanischen Rechten und die Demobilisierung der kaiserlichen japanischen Armee sowie um eine wirtschaftliche Neuordnung, die die Auflösung der vertikal integrierten Zaibatsu-Monopole beinhaltete. Während dieser Reformperiode wurden über 200.000 Beamte, die mit der militaristischen Politik in Verbindung gebracht wurden, aus ihren Ämtern entfernt oder als Kriegsverbrecher verhaftet. 1947 begann MacArthurs Besatzungsregierung unter dem Druck der politischen Entscheidungsträger in der US-Regierung, die sich nun auf den Kalten Krieg konzentrierten, mit der Entlassung von Personen von der schwarzen Liste des öffentlichen Dienstes und leitete die Rote Säuberung ein. Durch den Verlust Chinas an die chinesischen Kommunisten und den anschließenden chinesisch-sowjetischen Vertrag verloren die China-Befürworter einen Großteil ihres Einflusses, was der CIA und dem US-Militärgeheimdienst die notwendige Grundlage für die Zusammenarbeit und Unterstützung der japanischen Rechten und der Yakuza lieferte.
Douglas MacArthur hatte eine Abneigung gegen das Office of Strategic Services (OSS) und verhinderte, dass das OSS und seine Nachfolgeorganisation, die CIA, bis 1950 in Japan tätig werden konnten. Infolgedessen wurden viele der nachrichtendienstlichen Operationen, die in der Anfangsphase der Besatzung durchgeführt wurden, an den militärischen Nachrichtendienst, insbesondere die G-2, delegiert.