Dies ist eine Liste von Aktivitäten, die angeblich von der U.S. Central Intelligence Agency (CIA) in Pakistan durchgeführt werden. Von Autoren wie Ahmed Rashid wird behauptet, dass die CIA und der ISI (Inter-Services Intelligence; Pakistans wichtigster Geheimdienst) einen geheimen Krieg geführt haben. Die afghanischen Taliban – mit denen sich die Vereinigten Staaten offiziell im Konflikt befanden – hatten während des Krieges ihr Hauptquartier in den pakistanischen Stammesgebieten unter Bundesverwaltung und werden einigen Berichten zufolge weitgehend vom ISI finanziert. Die pakistanische Regierung bestreitet dies.